پس از قتل نادرشاه افشار، ایران دچار جنگ‌های خانگی فئودال‌ها و خان‌ها شد. در آذربایجان و قفقاز مانند دیگر مناطق تحت نفوذ افشاریه، حکومت‌های کوچک محلی فئودالی به صورت « خان‌نشین » پدید آمد. خان‌نشین‌های تبریز، اورومیه، اردبیل، نخجوان، گنجه، باکو، شیروان، قاراباخ، شکی، ایروان، یکی بعد از دیگری پدید آمدند. در برخی نواحی نیز فئودال‌هایی با القابی نظیر «سلطان» و «ملک» فرمان‌روایی می‌کردند که معمولاً هرکدام وابسته‌ی یکی از خان‌نشین‌های فوق بود.
پس از تشکیل حکومت قاجار، آقامحمدخان با لشکرکشی‌های خود توانست برخی از این خان‌نشین‌ها را تابع خود کند. وی در حمله‌ای که به خان‌نشین قلعه‌ی شوشا کرد کشته شد و ابراهیم‌خان فرزند پناه‌علی‌خان فرمان‌روای این خان‌نشین توانست به حکم‌رانی خود ادامه دهد.
در دوره‌ی فتحعلی‌شاه قاجار و پیش از آغاز جنگ‌های ایران و روس، دولت روسیه به دنبال مطامع سیاسی خود، با برخی از این خان‌نشین‌ها عهدنامه‌ی مودت امضا کرد. و آن‌ها را به رسمیت شناخت. ابراهیم‌خان در خان‌نشین شوشا سکّه به‌نام خود ضرب کرد، در خان‌نشین قوبا کارخانه‌ی اسلحه‌سازی و ضراب‌خانه تأسیس گردید. فتحعلی‌خان فرمان‌روای این خان‌نشین برای استحکام بخشیدن مرزهای اراضی خود، بسیاری از جوانان جنگاور مغانات را به خان‌نشین قوبا کوچ داد. برای مردم تحت سیطره‌ی خود به اصلاحات مالیاتی پرداخت. خان‌نشین دربند را با خود متحد کرد. در آن روزگار اهالی شهر دربند ده‌هزار تن بودند. در آن‌جا صدها مغازه، کارگاه و کاروان‌سرا وجود داشت، مال‌التجاره‌های هشترخان، داغستان و ماوراء قفقاز به این‌جا وارد می‌شد.
مردم دربند از فتحعلی‌خان که در اندیشه‌ی توسعه‌ی تجارت و پیشه‌وری بود هواخواهی می‌کردند. به کمک گروهی از مردم شهر، او توانست شهر را تصرف کند و دربند را جزو متصرفات خود سازد.
فتحعلی‌خان در اندک زمانی خان‌نشین‌های شیروان، شاماخی و باکو را نیز تصرف کرد.
در این میان، دولت روسیه در زمان امپراتوری کاترین دوم در سال‌های 1774-1767، سال‌هایی که با عثمانی‌ها در جنگ بود، اشتهای خاصی به قفقاز و خانات مسلمان‌نشین داشت. فتحعلی‌خان در این بحبوحه با روسیه متحد شد، کلیدهای شهر دربند را به کاترین دوم فرستاد و تابعیت روسیه را پذیرفت. گرچه بسیاری از مردم بر فتحعلی‌خان شوریدند و او را در شهر قوبا شکست دادند و مجبور به عقب‌نشینی به شهر سالیان کردند، ولی وی در سال 1887 توانست سفیران 12 نفری خان‌نشین قوبا را برای التماس از امپراتوری روس به پترزبورگ اعزام دارد. فتحعلی‌خان در پیامی که به پترزبورگ فرستاد، نوشته بود: « اطمینان می‌دهم که تا دم مرگ ذره‌ای در صداقت من به روسیه خللی وارد نیاید. من پیوسته برای دشمنان روسیه دشمن و برای دوستان آن، دوست خواهم بود. »
امپراتوری روسیه برای تصرف کامل قفقاز، از سویی سیاست ایجاد میل در خان‌ها برای قبول تابعیت روسیه ایجاد کرد و از سوی دیگر مسیحیان بویژه ارامنه‌ی گریگوری را به عنوان ستون پنجم در این مناطق مسلمان‌نشین تحت حمایت خود درآورده و یكی از خان‌هایی كه در این زمان با تكیه به دولت ایران، توانست در مقابل روسیه مقاومت كند، جوادخان بود.
هنگام لشکرکشی آقامحمدخان قاجار به تفلیس در سال 1785، جوادخان گروه کثیری از لشکریان تحت فرمان خود را همراه آقامحمدخان راهی تفلیس کرد و به همین دلیل نیز پس از بازگشت قشون قاجار از تفلیس، به فرمان اراکلی دوم دسته‌جات مسلح خان‌شیز قاراباغ و گنجه را به محاصره درآوردند و جوادخان را وادار کردند که علاوه بر آزادکردن اسرای گرجی، خسارت جنگی نیز پرداخت نماید.
پس از مرگ اراکلی، جوادخان به مناطق بورچالی و شمس‌الدین حمله کرد، آن‌ها را از تصرف دولت روسیه درآورد. اما از سال 1796 به بعد تقریباً اغلب خان‌نشین‌های آذربایجان و قفقاز تحت حمایت دولت روس درآمدند. حتی خود جوادخان از شهر گنجه بیرون آمده به استقبال رمسکی‌کورماکوف ژنرال روس رفت و کلید شهر را به شرط حفظ دولت محلی خان‌نشین و احتراز از خون‌ریزی به وی داد و وضعیت را به حال عادی درآورد. ولی در اندک مدتی وضعیت به تمامی تغییر یافت و ژنرال روس ادعا کرد که قصد تصرف خان‌نشین را ندارد و فقط جهت دفع تجاوز مسلمین و جلوگیری از آزار اتباع مسیحی روسیه یعنی ارمنی‌ها و گرجی‌ها به قفقاز حمله‌ور شده‌اند.
امپراتوری روسیه کماکان در آرزوی دست‌یافتن به آب‌های گرم خلیج‌فارس، تصرفات خود را در قفقاز و آذربایجان توسعه می‌داد و در این میان، اخطار حمله به جوادخان داد.
جوادخان زیاداوغلو قاجار در نامه‌ای که به ژنرال سیسیانوف نوشته، وعده‌های او درباره‌ی شناخت استقلال خان‌نشین گنجه و احتراز از خون‌ریزی را یادآور شده است.
متن نامه‌ی جوادخان به ژنرال روس چنین است:
نامه‌ی جوادخان به کلنیاس سیسیانوف
در این‌وقت کاغذی که فرستاده بودی، رسید و نوشته بودی که در ایّام طومار دده قال‌گنجه تابع گرجستان بود. این سخن را، هیچ‌کس نشنیده است. امّا پدران ما که عباس‌قلی‌خان و سایرین باشد در گرجستان حاکم بوده‌اند، هرگاه قبول ننمائید از مردان پیر اهل گرجستان تحقیق نمائید که عباس‌قلی‌خان در گرجستان حاکم و والی بوده است یا نه؟ و بالفعل مسجد و دکان او در گرجستان هست و فلعت و تعلیقه او هم در خانه‌ی اهل گرجستان هست. و از ایّام پدر اراکلی‌خان و پدر ما سرحد گنجه و گرجستان معلوم بوده که از کجا تا به کجاست.
و ما این سخن‌ها را به زبان نمی‌آوریم و هرگاه بگویم هم که پدران ما در گرجستان والی بوده است کسی قبول نمی‌کند و با این سخن گرجستان را کسی به ما نمی‌دهد.
و دیگر آن‌که نوشته بودی که شش سال پیش از این، قلعه‌ی گنجه را به پادشاه روسیه داده بودی. درست است، در آن‌وقت پادشاه شما به تمامی ولایت ایران رقم نوشته بود و به ما هم نوشته، ما رقم پادشاه را قبول کرده، قلعه را دادیم. هرگاه باز پادشاه در خصوص گنجه به ما فرمان نوشته باشد فرمان پادشاه را معلوم و آشکار نمائید ما هم رقم پادشاه را دیده از آن قرار عمل نمائیم.
و دیگر آن‌که نوشته بودی که پیش از این به گرجستان تابع بودی. معلوم شما باشد که الحال رقم پادشاه شما در دست ما هست ببینید که در آن رقم ما را بیگلربیگی گنجه بود یا تابع گرجستان از این معنی معلوم است که سخن شما خلاف قول شماست.
و دیگر آن‌که در آن‌وقت که ما تابع پادشاه روسیه شده بودیم، پادشاه ایران به خراسان رفته بود و دست ما به او نمی‌رسید. و به جهت آن‌که پادشاه روسیه هم پادشاه عظیم‌الشأن بود، اطاعت او را قبول کردیم. و الحال پادشاه ایران - الحمدالله و المنّه- در نزدیک و حالا هم غلام سردارش به این‌جا آمده است و قشون هم آمده و باز می‌آید.
و دیگر آن‌که نوشته بودی که گرجستان به پادشاه تعلق دارد و از تجار او هم مال گرفته‌اید، درست است. امّا روز اوّل که شما وارد گرجستان شدید بر شما نوشتیم و آدم فرستاده معلوم کردیم که نصیب که رعیّت ماست و از ما روگردان شده، اموال تجار ما را گرفته است. و خیال کردیم که شما نوکر پادشاه هستید. البته با دیوان حق کرده مال آدم ما را گرفته، می‌دهید و نصیب و سایر شمس‌الدینلی و ما را که از ما روگردان شده‌اند، گرفته به ما خواهید داد. دیدیم که هیچ‌کدام را به عمل نیاوردید و ما هم آن‌چه گرفته‌ایم. از دیگران نپرسید و ببینید که از رعیّت گنجه که شمکوری باشد گرفته‌ایم یا از اهل گرجستان گرفته‌ایم و الّا هرگاه بنای دعوا داری ما هم آماده‌ی جنگ هستیم و اگر از توپ و توپ‌خانه خود لاف می‌زنی از شفقت خدا توپ ما از شما کمتر نیست. هرگاه توپ شما یک‌کز است، توپ ما سه‌کز و چهارکز است و نصرت هم با خدا است و از کجا معلوم می‌شود که شما از قزلباش رشیدتر هستید. شما دعوای خود را دیده‌اید و دعوای قزلباش را ندیده‌اید.
و نوشته بودی که آماده‌ی جنگ باشد از آن‌وقت که شما به شمس‌الدینلی آمدید و رعیّت ما را تابع خود کردید از آن‌روز تا به‌حال در تدارک هستیم و حاضر و آماده بوده‌ایم. هرگاه دعوا می‌کنی، دعوا خواهیم کرد.
و آن‌که نوشته بودی که هرگاه این سخن‌ها را قبول نمی‌کنی بدبختی تو را گرفته است. ما هم‌چنین می‌دانیم که شما هم به این خیال افتاده آمده‌اید، شما را بدبختی کشیده از پترزبورگ قضا به آن‌جا آورده است. انشاء الله تعالی بدبختی شما معلوم خواهد شد.
والسلام
جوادخان پس از ارسال این نامه به ژنرال روس، از دولت قاجار در تهران کمک خواست، ولی دربار خوش‌گذران فتحعلی‌شاه او را در دفاع از ولایت گنجه تنها گذاشت. قشون روس شهر گنجه را به محاصره درآورد و از چهارسو این شهر را به توپ بست.
آخرین بار سیسیانوف به او نوشت:« من شهر را تصرف می‌کنم و تو اعدام می‌شوی!»
و جوادخان در پاسخ او چنین نوشت:« تو، جسد من را بر بالای قلعه خواهی یافت!»
محاصره‌ی گنجه یک ماه به طول انجامید و سرانجام سیسیانوف با مشورت شورای جنگی امپراتوری به هجوم قطعی در شبان‌گاه سوم ژانویه‌ی سال 1804م.(1218هـ.) دست زد. اهالی شهر با سنگ و تبر و تیروکمان به دفاع پرداختند. جوادخان بر بالای دیوار قلعه شهید شد. فرزندش حسین‌قلی نیز جنگید و شهید شد. قشون روس تا ظهر همان روز اهالی شهر گنجه را قتل‌عام کردند و سپس دست به غارت زدند و خانواده‌ی جوادخان را به اسارت بردند و نام شهر گنجه را تبدیل به «الیزابت پل» کردند.
به نوشته‌ی محمدبهمن قاجار نوه‌ی عباس‌میرزا، با شهادت جوادخان در جنگ با روس‌ها به حکومت سیصدساله‌ی سلاله‌ی زیاداوغلی پایان داده شد و خان‌نشین گنجه که اغلب از سوی حکومت ایران مورد حمایت قرار می‌گرفت، منقرض گردید.
جوادخان بن شاهوردی‌خان زیاداوغلو قاجار در سال1748م. در شهر گنجه متولد شد. او بعد از « رحیم‌خان زیاداوغلو » (1786- 1785م.) بر تخت خان‌نشین گنجه جلوس کرد. در زمان فرمان‌روایی او، گنجه آباد و معمور شد و شعر و ادب نیز شکوفا گردید.
درباره‌ی مبارزات جوادخان و جنگ او با دولت روس در دفاع از دین و نوامیس ملی خود، فیلم‌نامه‌ای از سوی شاعر و نویسنده‌ی معاصر جمهوری آذربایجان آقای «صابر رستم‌خانلی» نوشته شده است که ترجمه‌ی فارسی آن را فرزندم آقای « ستار محمدزاده صدیق» به فرجام رسانیده است و در این کتاب چاپ می‌شود.